El mal aliento o halitosis puede ser un signo de padecer alguna enfermedad, como una insuficiencia renal crónica (en este caso el aliento tiene olor a amoníaco), una diabetes mal controlada, sinusitis, una alteración en el funcionamiento del hígado, infecciones en el pulmón o problemas gastrointestinales.
El consumo de tabaco, alcohol o café, así como ciertos alimentos como el ajo y la cebolla, también están relacionados con la aparición de halitosis o mal aliento.
También existen numerosos fármacos que tienen como efecto secundario la disminución de la producción de saliva, y al tener la boca seca se genera el mal aliento.
La halitosis se puede originar, asimismo, a causa de una dieta pobre en hidratos de carbono. La carencia de estos nutrientes provoca que el organismo utilice las grasas para conseguir la energía que necesita. Al metabolizar las grasas se produce cetosis o cetoacidosis, que consiste en un incremento de cetonas en la sangre y la orina. El mal aliento, en este caso, es la consecuencia de la eliminación de pequeñas cantidades de acetona, que producen un olor característico.
La raíz del problema, sin embargo, se encuentra, en el 90% de los casos, en una proliferación excesiva de bacterias en la boca, que inducen la formación de placa bacteriana sobre los dientes, y producen ácidos y compuestos sulfatados volátiles, que son los responsables del mal olor.